Un apoyo a la investigación para mejorar la asistencia sanitaria
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Un apoyo a la investigación para mejorar la asistencia sanitaria
Un apoyo a la investigación para mejorar la asistencia sanitaria
Figura: Ejemplo de imagen que combina un porta HE y MPM co-registrado
* Descripción general:
La base de datos consiste en 50 muestras de lesiones obtenidas a partir de colonoscopias y colectomías llevadas a cabo durante los años 2012-2017 en el Servicio de Digestivo de la OSI Bilbao Basurto (Bilbao, España). Entre las muestras hay 24 neoplasias malignas (adenocarcinomas), 19 lesiones preneoplásicas (adenomas), 2 hiperplasias y 5 muestras sanas obtenidas a partir de 24 hombres y 19 mujeres. Las muestras fueron diagnosticadas por el servicio de Anatomía Patológica de la OSI Bilbao Basurto y almacenadas en el Biobanco Vasco
Las muestras fueron escaneadas utilizando un microscopio multiphoton (Lens, Florence, Italy), tanto con fluorescencia (MPM) como con SHG (generación de segundo armónico) para ser posteriormente teñidas con la tinción de Hematosolina & Eosina (H&E). La base de datos se enviará en formato .zip.
La escala utilizada es 0.5µm/px.
* Detalles técnicos:
Para cada una de las muestras que se incluyen la base de datos aparece la siguiente información:
- SAMPLE_ID: "PICCOLO_XX_YY", donde XX es el ID del paciente e YY la lesión correspondiente.
- LESION_ID: La lesión ha sido clasificada en sana, hiperplasia, neoplasia benigna y neoplasia maligna
- ANÁLISIS HISTOLÓGICO: Incluye la información referente a la lesión.
- GRADO: En el caso de las neoplasias malignas, se incluye el grado de estas.
Para acceder a las imágenes es necesario rellenar el siguiente formulario https://forms.office.com/r/if28h4MyzC o contactar con el Biobanco Vasco en solicitudes.biobancovasco@bioef.eus donde se informará de las condiciones de acceso.
Por favor, cita la siguiente referencia cuando uses esta base de datos:
Artzai Picon, Elena Terradillos, Luisa F. Sánchez-Peralta, Sara Mattana, Riccardo Cicchi, Benjamin J. Blover, Nagore Arbide, Jacques Velasco, Mª Carmen Etzezarraga, Francesco S. Pavone, Estibaliz Garrote, Cristina L. Saratxaga,
Novel Pixelwise Co-Registered Hematoxylin-Eosin and Multiphoton Microscopy Image Dataset for Human Colon Lesion Diagnosis, Journal of Pathology Informatics,Volume 13,2022,100012,ISSN 2153-3539,https://doi.org/10.1016/j.jpi.2022.100012,https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2153353922000128)
El uso de la base de datos está restringido para fines educativos y de investigación. El uso con fines comerciales está prohibido sin autorización previa por escrita.
