Un apoyo a la investigación para mejorar la asistencia sanitaria
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Figura: Imágenes de tejido de colon adquiridas con microscopio multi-fotón.
* Descripción general:
La base de datos contiene una colección de 44 muestras de lesiones obtenidas a partir de colonoscopias y colectomías llevadas a cabo entre los años 2012-2017 en el Servicio de Digestivo de la OSI Bilbao Basurto.
En la base de datos se encuentran 23 neoplasias malignas (adenocarcinomas), 19 lesiones preneoplásicas (adenomas) y 2 hiperplasias obtenidas todas ellas de 23 hombres y 18 mujeres. Las muestras fueron diagnosticadas por el servicio de Anatomía Patológica de la OSI Bilbao Basurto y almacenadas en el Biobanco Vasco La toma de muestras se realizó después de la firma del consentimiento informado por parte del paciente y de acuerdo con la normativa vigente. Las muestras utilizadas durante este proyecto han sido obtenidas con la aprobación del Comité de Ética.
En la base de datos se incluyen las imágenes en formato .png, siendo el tamaño del área del tejido de 511x 511 µm2. Las imágenes han sido agrupadas en dos categorías distintas: benignas para las muestras de hiperplasia y adenomas y malignas para los adenocarcinomas. La base de datos se enviará en formato .zip.
*Detalles técnicos:
En la base de datos se encuentran 14.712 imágenes de 1024 x 1024 px con un total de 6.985 imágenes de lesiones benignas y 7.727 imágenes de las lesiones malignas.
Las imágenes para cada una de las muestras han sido codificadas de la siguiente manera:
PICCOLO_PATIENT_ID_LESION_ID_MODALITY_SECTION_ID_TILE_ID.EXTENSION donde:
- PATIENT_ID = número para cada uno de los pacientes.
- LESION_ID = número que identifica la lesión.- MODALITY = TPF (two-photon fluorescence)
- SECTION_ID = número que identifica la sección de tejido escaneada (de manera general, se ha escaneado una única sección del tejido, aunque de alguna lesión se han escaneado dos secciones).
- TILE_ID = identificador en el formato p00z000yNNxMM, donde MM y NN son las coordenadas X e Y de la imagen respecto al total de la muestra, empezando por y01x01 en la esquina superior izquierda.
- EXTENSION = PNG Para acceder a las imágenes es necesario rellenar el siguiente formulario: https://forms.office.com/r/ycdFxGaMEE o contactar con el Biobanco Vasco en solicitudes.biobancovasco@bioef.eus donde se informará de las condiciones de acceso.
Por favor, cita la siguiente referencia cuando uses esta base de datos:
Terradillos E., Saratxaga C. L., Mattana S., Cicchi R., Pavone F. S., Andraka N. Glover B. J., Arbide del Rio N., Velasco J., Etxezarraga M.C., Picon A. Analysis on the characterization of multiphoton microscopy images for malignant neoplastic colon lesion detection under deep learning methods. 2021.
El uso de la base de datos está restringido para fines educativos y de investigación. El uso con fines comerciales está prohibido sin autorización previa por escrita.
